In 1985 moesten bijna honderd woningen in de Zellingwijk in Gouderak afgebroken worden omdat de bodem ernstig verontreinigd was. Door het ophogen van de oevers met afval waren het water en de bodem vervuild met giftige stoffen zoals olie, teer, zware metalen en benzeen. Als gevolg van deze zware verontreiniging moest Rijkswaterstaat de waterbodem saneren. De wederopbouw van de Zellingwijk is nu in volle gang. Mensen die voorheen in de wijk woonden krijgen voorrang bij koop of huur.
Het rijk heeft 33 miljoen euro in de schoonmaak geïnvesteerd en er is in totaal 20 kilometer bodem gesaneerd, van Gouda tot Capelle aan den IJssel. De natte oevers zijn schoongemaakt en heringericht als natuurgebied. De Kaderrichtlijn Water (een Europese richtlijn die voorschrijft dat de waterkwaliteit van de Europese wateren vanaf 2015 aan bepaalde eisen moet voldoen) heeft een extra impuls gegeven aan het project. Het resultaat is dat de rivier nu al voldoet aan de eisen van de Kaderrichtlijn Water voor 2015. ‘’Dit betekent vijf jaar winst’’, aldus Atsma. ‘’We hebben nu een schone rivier met karakteristieke kenmerken zoals riet, wilgen, slik en biezen. Een heel andere rivier dan de Hollandsche IJssel de afgelopen decennia was. Het Groene Hart kan zich verder ontwikkelen tot een gebied waar het goed wonen, werken en recreëren is’’.
De afsluiting van dit project van Rijkswaterstaat betekent niet dat alle werkzaamheden aan de Hollandsche IJssel ten einde zijn. Binnen het overkoepelende samenwerkingsproject ‘Schoner, Mooier, Hollandscher IJssel’werken rijk, provincie, waterschappen en gemeenten nog tot eind 2012 samen aan de verdere ontwikkeling van het gebied. Zo vindt nog de renovatie plaats van de oude scheepswerf Van Duijvendijk bij Krimpen aan den IJssel. Het nieuwbouwproject Zellingwijk in Gouderak wordt nog opgeleverd, evenals het project ‘Ouderkerk centrum Havenfront’.
De sanering van de Hollandsche IJssel maakt deel uit van een landelijk saneringsprogramma waarvoor 189 miljoen euro is gereserveerd tussen 2010 – 2015. Er is op dit moment zo'n 60% van de aangewezen gebieden gesaneerd. De laatste waterbodemsanering wordt begin 2014 afgerond.